機場第三跑道涉及填海取地，所以造價不菲。早前有業界人士估計，新跑道造價高達700億港元。但隨著通脹及物資上漲，加上10年後才完成興建，相信造價會不斷上升。
學者：機管局借貸最可取
那又如何籌集資金呢？外界估計有多個選擇，包括政府十足注資、機管局自行借貸、政府及機管局合資、機管局發債等，甚至向航空公司徵費以至一同合資。中文大學航空政策研究中心副主任馮嘉耀認為，機管局集資能力高，借貸方向可取，若要求航空公司湊一份，涉及股權安排，則較為複雜。
香港國際機場1998年啟用，造價為400億至500億港元，當時的資金包括政府出資、機管局與金融機構貸款等。